สำหรับเงื่อนไขการจับสลากประกบคู่ในรอบนี้ ทีมจากประเทศเดียวกันสามารถจับมาเจอกันได้ แต่ทีมที่มาจากกลุ่มเดียวกันจะไม่มีสิทธิ์พบกันในรอบนี้ มีผลการจับสลากประกบคู่ ดังนี้
ประกบคู่ฟุตบอลเอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2 รอบ 16 ทีมสุดท้าย
โซนตะวันตก
Al Khaldiya SC (บาห์เรน) พบ Tractor FC (อิหร่าน)
Al Wakrah SC (กาตาร์) พบ Al Taawoun FC (ซาอุดีอาระเบีย)
Al Wehdat (จอร์แดน) พบ Shabab Al Ahli (สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์)
Al Hussein (จอร์แดน) พบ Sharjah FC (สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์)
โซนตะวันออก
นัม ดินห์ เอฟซี (เวียดนาม) พบ ซานเฟรซเช ฮิโรชิมา (ญี่ปุ่น)
เมืองทอง ยูไนเต็ด (ไทย) พบ ไลออน ซิตี้ เซเลอร์ส (สิงคโปร์)
การท่าเรือ เอฟซี (ไทย) พบ ชุนบุค ฮุนได มอเตอร์ส (เกาหลีใต้)
ซิดนีย์ เอฟซี (ออสเตรเลีย) พบ ทรู แบงค็อก ยูไนเต็ด (ไทย)
ฟุตบอลเอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2 รอบ 16 ทีมสุดท้าย ทำการแข่งขันแบบเหย้า-เยือน ทีมอันดับ 2 จะได้เล่นในบ้านก่อน ขณะที่ทีมอันดับ 1 จะได้เล่นเป็นทีมเหย้าในเลกสอง
เลกแรก : แข่งขันวันที่ 11-13 กุมภาพันธ์ 2568
เลกสอง : แข่งขันวันที่ 18-20 กุมภาพันธ์ 2568
